Михаилу Хрипунову предъявлено обвинение в получении взяток в особо крупном размере по части 6 статьи 290 УК РФ. Уголовное дело возбудили в феврале 2026 года. Решение приняли после того, как Высшая квалификационная коллегия судей удовлетворила ходатайство председателя Следственного комитета России Александра Бастрыкина о привлечении бывшего коллеги к ответственности.
В мае Верховный суд России избрал для Михаила Хрипунова меру пресечения в виде ареста. Следствие обосновало необходимость заключения под стражу несколькими обстоятельствами. В частности, у обвиняемого был заграничный паспорт.
Кроме того, следственные органы указали на связи Хрипунова в правоохранительной и судебной системах. Эти обстоятельства были приведены в качестве аргументов в пользу ареста. Решение о мере пресечения принял Верховный суд РФ.