Глафира живет в счастливом браке с актером Малого театра Алексеем Фаддеевым. Их знакомство произошло в 2005 году на съемках, и уже через полгода они поженились. В их большой семье воспитывается четверо сыновей: Корней, Ермолай, Гордей и Никифор, троих из которых Глафира родила дома при активной поддержке мужа.
Актриса очень бережно относится к личной жизни своих детей, избегая публичного внимания к ним. Она не вовлекает сыновей в свою профессиональную деятельность и не делится их фотографиями в социальных сетях, подчеркивая, что вместе с мужем они способны обеспечить семью без необходимости зарабатывать на детях.