Система SynthIDBio может встраивать водяные знаки в последовательности белков, выбирая определённые аминокислоты из химически близких вариантов. Например, при наличии нескольких подходящих аминокислот она отдаёт предпочтение той, которая соответствует заданному водяному знаку. Такой подход позволяет сохранять функциональность создаваемых белков.
Водяной знак распределяется по всей длине белковой последовательности случайным образом. Поэтому его обнаружение не сводится к простому ответу «да» или «нет». Для проверки необходимо проанализировать всю последовательность с использованием специального ключа и подсчитать, насколько часто в ней встречаются аминокислоты, выбранные SynthIDBio.
Google разработала программное обеспечение, которое выполняет такую проверку. Исследователи также оценили, сохраняют ли помеченные белки свои свойства. Для этого они создали белки, способные взаимодействовать с важными природными белками, ранее выбранными в ходе разработок с применением искусственного интеллекта.
Белки с водяными знаками успешно связывались с заданными мишенями. Такой эксперимент не равнозначен проверке способности белка выступать катализатором, однако результаты показывают, что маркировка не должна серьёзно мешать более сложным задачам проектирования.
По данным Ars Technica, технология может оказаться полезной для биологической безопасности. Производители ДНК обычно проверяют заказы на наличие последовательностей, связанных с вирусами, токсичными белками и другими потенциально опасными объектами. Однако белки, не похожие на известные природные образцы, в том числе созданные искусственным интеллектом, сейчас трудно оценивать с точки зрения возможной угрозы.