Руководители технологических компаний давно обещают, что их модели искусственного интеллекта ускорят биологические открытия. На прошлой неделе одно из таких обещаний, по словам разработчиков, было выполнено. В заявлении от 23 сентября компания Anthropic сообщила, что её большая языковая модель Claude выявила ферментную систему, свойства которой напоминают Crispr — удостоенный Нобелевской премии инструмент редактирования генов.
Как утверждает Anthropic, около 950 агентов Claude, работавших одновременно, обнаружили интересующие генетические последовательности за 21,5 часа. «Я искренне хвалю Anthropic за то, что они рассказали миру о своём открытии», — заявил Фёдор Урнов, эксперт по редактированию генов из Калифорнийского университета в Беркли и директор по терапевтическим исследованиям и разработкам в его Инновационном институте геномики. Этот институт сотрудничает с Anthropic, но не участвовал в новом открытии.
Другие учёные отнеслись к находке с меньшим энтузиазмом — это первый результат исследовательской группы, созданной Anthropic в начале года. «Эксперименты ещё стоят в очереди. А пиар уже запущен», — говорит Лэ Конг, профессор Стэнфордского университета, занимающийся интеграцией ИИ в исследования по генной инженерии.
Anthropic, открывшая лабораторию для поиска лекарств, ясно дала понять, что находка не означает завершения работы. «Мы пока не понимаем, что делает эта система, — говорится в сообщении компании в X, — но лишь несколько известных систем обладают её особенностями, и все они умеют вырезать, копировать и вставлять ДНК». Один физический эксперимент был включён в технический отчёт, который не проходил рецензирование. Однако предстоит сделать гораздо больше, чтобы определить значимость открытия. Остаётся неизвестным, можно ли использовать эту ферментную систему для редактирования генов и, если да, будет ли она полезным инструментом.
«Представьте, что мы на пляже Санта-Моника и пытаемся просеять весь песок в поисках алмаза, — говорит Конг. — ИИ нашёл нечто очень блестящее, а потом нужно вернуться в лабораторию, чтобы понять: это стекло? Это алмаз?»
Claude нашёл этот блестящий объект после того, как исследователи из Anthropic дали ему задание искать в огромных геномных базах данных «интересные новые примеры» обратных транскриптаз — белков, которые копируют РНК в ДНК. Это противоположно обычному процессу в наших клетках, где ДНК транскрибируется в РНК, но используется другими организмами в различных биологических функциях, включая вставку сегментов ДНК. По данным Anthropic, агенты Claude первоначально выявили более 200 000 возможных обратных транскриптаз, затем отобрали несколько тысяч, казавшихся новыми, и ещё больше сузили круг, в итоге найдя «необычное» семейство обратных транскриптаз с длинным участком повторяющихся последовательностей ДНК, напоминающих Crispr. Anthropic называет эту систему ART — сокращение от array-associated reverse transcriptases (обратные транскриптазы, связанные с массивами). Система встречается в гигантских фагах — крупных вирусах, заражающих бактерии.
«Я вижу невооружённым глазом тандемный повтор… это похоже на Crispr… повторяющийся массив?!» — написал один из агентов ИИ. Агент также признал, что эта система может быть ретроном, как отмечено в техническом отчёте. Crispr и ретроны — обе являются бактериальными иммунными системами, и хотя ретроны имеют некоторую пользу в редактировании генов, они не являются тем же универсальным инструментом, что Crispr. Поэтому неудивительно, что в блоге Anthropic сравнение с Crispr было усилено. Сет Шипман, заместитель руководителя исследований в Институтах Гладстона, не считает, что найденное Anthropic является новой системой Crispr, но говорит, что открытие всё равно интересно. «Новое здесь — то, как они это нашли, а не то, что это такое», — отмечает он. Его лаборатория использовала ретроны для создания систем редактирования генов, так что применять ретроны таким образом возможно.